环境生物工程专业硕士点设在催化与功能有机分子重庆市重点实验室（专业代码0830Z2）。

本专业硕士点设有:环境生物技术、生物质资源化、环境生态工程3个研究方向。

环境生物工程是一个多学科交叉、宽口径设置的专业。本专业主要为环境和生物工程领域培养具有较高综合素质和创新能力的专业人才，毕业学生应具有一定的环境、生物工程领域科技创新、科学技术改造和新技术推广与应用的能力。

开设的主要课程有：环境生物学、生物资源利用、环境生物技术、天然产物化学等。